L'orphelinat de Konoha est un établissement situé en périphérie du village, dirigé notamment par Nonō Yakushi, ancienne membre de Racine et capitaine du corps médical. Il accueille des enfants de diverses origines et sert de centre de soins aux shinobi durant les conflits. Certains de ses pensionnaires, comme Kabuto Yakushi, intègrent plus tard les rangs des ninjas de Konoha ou d'autres organisations.